A 13 de abril de 1918 é criada a freguesia da Penha de França. Em 1959, por via de uma reforma administrativa, o seu território é diminuído e parte dele passa a pertencer às freguesias de São João e do Alto do Pina.
Em 2012 nova reforma administrativa volta a reunir São João e Penha de França. É nesta altura que a Câmara Municipal de Lisboa reforça as competências das Juntas de Freguesias.
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